Bei der Lohnsteuer handelt es sich nicht um eine eigenständige Steuerart, sondern um eine spezifische Erhebungsform der Einkommensteuer. Diese betrifft alle Arbeitnehmer mit Einkünften aus nicht selbständiger Arbeit. Die Lohnsteuer wird nicht vom Steuerzahler selbst, sondern direkt vom Arbeitgeber an das Finanzamt gezahlt. Deshalb wird die Lohnsteuer auch Quellsteuer genannt.
Die errechnete Lohnsteuer wird vom Arbeitgeber monatlich vom Bruttolohn einbehalten und zusammen mit der Kirchensteuer und ggf. dem Solidaritätszuschlag direkt an das Finanzamt abgeführt. Somit stellt die Lohnsteuer eine „Vorauszahlung“ auf die Einkommensteuerschuld dar.Die Höhe der Lohnsteuer wird auf der Grundlage eines Prozentsatzes des Jahresbruttolohns des Arbeitnehmers berechnet. Dabei spielen auch die „Elektronischen LohnSteuerAbzugsMerkmale“ – kurz ELStAM – eine entscheidende Rolle, die dem Arbeitgeber von einer zentralen Datenbank der Finanzverwaltung zum elektronischen Abruf zur Verfügung gestellt werden. Zu den Lohnsteuerabzugsmerkmalen gehören z. B. die Steuerklasse (Lohnsteuerklasse), die Freibeträge für Kinder und die Konfession.